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Johnny nasce fuori dal vault 101, nello stato dell'Illinois per essere precisi, da George Lincoln e Virginia Nolan. I genitori di Johnny, considerano il posto poco adatto per la sicurezza della famiglia, così grazie alla conoscenza di George con il Sovrintendente del Vault 101 nella zona contaminata della capitale, la famiglia Lincoln riesce a trasferirsi nel bunker per salvaguardarsi da qualsiasi pericolo. Johnny è convinto di essere nato nel Vault, anche perchè al momento del trasferimento aveva giusto un mese di vita; cresce serenamente nel vault, conosce molti amici e come ogni bambino si diverte a giocare e fare dispetti agli adulti. George insegna al figlio come essere dei veri patrioti e la devozione verso l'Enclave, nonostante ciò non voleva che il figlio ne parlasse in giro, insomma degli insegnamenti segreti. J.A. apprendeva tutto con molto interesse e in lui cresceva la voglia di esplorare il mondo esterno, nonostante fosse severamente vietato nel Vault anzi un'impresa impossibile. Arrivato ai 16 anni sostiene il G.O.A.T e attraverso i risultati viene scelto come guardia di sicurezza del vault, sin da piccolino ambiva a tale professione. Gli insegnamenti di George appresi da J.A. vengono catapultati nelle menti, ovvero ad amici intimi di Johnny e anche loro guardie di sicurezza; i modi di fare del Sovrintendente portarono il gruppo di guardie capitanate da J.A. ad insorgere e provocare una sorta di ribellione che consisteva nell'ottenere il diritto di esplorare il mondo esterno. Questo movimento si scontrò presto con le fedeli guardie del sovrintendente portando sangue e caos nel vault, a rimetterci la vita anche i genitori di Johnny e altri residenti devoti alla "Rivoluzione". La morte dei genitori porta in Johnny molto dolore ma soprattutto odio, quest'ultimo però non gli permette di uccidere il Sovrintendente, fin troppo scaltro ! Ma almeno porta il ragazzo e alcuni suoi amici/colleghi a scappare dal vault. Una volta fuori dal bunker si presentava un mondo diverso.....un mondo nuovo.